Генетическая изменчивость и таксономический статус песчанки Даля (Meriones Dahli, rodentia, muridae)

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Песчанка Даля (Meriones dahli) – вид, находящийся под угрозой исчезновения и обитающий на небольшой территории в центральном Закавказье. Филогенетическое положение песчанки Даля в пределах видового комплекса полуденных песчанок оценено с помощью анализа музейной ДНК. Исследовались последовательности как митохондриальных, так и ядерных генов. Мы обнаружили, что песчанка Даля является близкой сестринской группой к M. penicilliger, распространенной в Туране. Результат позволяет предположить существование в конце среднего плейстоцена коридора расселения псаммофильных видов, который соединял Закавказье и Закаспий.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

О. Г. Нанова

Московский государственный университет

Автор, ответственный за переписку.
Email: nanovaolgag@gmail.com

Зоологический музей

Россия, Москва, 125009

В. С. Лебедев

Московский государственный университет

Email: nanovaolgag@gmail.com

Зоологический музей

Россия, Москва, 125009

Е. Н. Соловьева

Московский государственный университет

Email: nanovaolgag@gmail.com

Зоологический музей

Россия, Москва, 125009

А. А. Лисенкова

Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова

Email: nanovaolgag@gmail.com

кафедра зоологии позвоночных, биологический факультет

Россия, Москва, 119234

В. Ю. Богатырева

Московский государственный университет

Email: nanovaolgag@gmail.com

Зоологический музей

Россия, Москва, 125009

Е. Д. Землемерова

Институт проблем экологии и эволюции имени А.Н. Северцова Российской академии наук

Email: nanovaolgag@gmail.com
Россия, Москва, 119071

В. А. Матросова

Институт молекулярной биологии имени В.А. Энгельгардта Российской академии наук

Email: nanovaolgag@gmail.com

Лаборатория структурно-функциональной геномики

Россия, Москва, 119991

Список литературы

  1. Alhajeri B.H., Steppan S.J., 2018. A phylogenetic test of adaptation to deserts and aridity in skull and dental morphology across rodents // Journal of Mammalogy. V. 99. № 5. P. 1197–1216. https://doi.org/10.1093/jmammal/gyy099
  2. Ananjeva N.B., Orlov N.L., Khalikov R.G., Darevsky I.S., Ryabov I.S., Barabanov A.V., 2006. An Atlas of the Reptiles of North Eurasia. Taxonomic Diversity, Distribution, Conservation Status // Pensoft Series Faunistica. V. 47. P. 1–250.
  3. Baker R.J., Bradley R.D., 2006. Speciation in mammals and the genetic species concept // Journal of Mammalogy. V. 87. № 4. P. 643–662. https://doi.org/10.1644/06-MAMM-F-038R2.1
  4. Bannikov A.G., Darevsky I.S., Rustamov A.K., 1971. Zemnovodniye i presmykayushchiesya SSSR (Amphibians and Reptiles of the USSR). Moscow: Mysl’. 304 p.
  5. Bulut Ş., Karacan G.O., 2021. Taxonomic status of Dahl’s Jird, Meriones dahli, as inferred from cytochrome b and IRBP gene sequences (Mammalia: Rodentia) // Zoology in the Middle East. V. 67. № 4. P. 283– 289. https://doi.org/10.1080/09397140.2021.1992835
  6. Bulut Ş., 2022. The present status, distribution, demography, and diet of the Dahl’s Jird // Brazilian Journal of Biology. V. 82. P. e237849. https://doi.org/10.1590/1519-6984.237849
  7. Clark A.G., 1990. Inference of haplotypes from PCR-amplified samples of diploid populations // Molecular Biology and Evolution. V. 7. № 2. P. 111–122. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a040591
  8. Dando T. Meriones dahli. The IUCN Red List of Threatened Species 2021: e.T13162A22433617 [Electronic resource]. Access: https://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2021-3.RLTS.T13162A22433617.en. Accessed October 17, 2023.
  9. Drummond A.J., Suchard M.A., Xie D., Rambaut A., 2012. Bayesian phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7 // Molecular Biology and Evolution. V. 29. № 8. P. 1969–1973. https://doi.org/10.1093/molbev/mss075
  10. Dyatlov A.I., Avanyan L.A., 1987. Substantiation of the species rank for two subspecies of jirds (Meriones, Cricetidae, Rodentia) // Russian Journal of Zoology. V. 66. P. 1069– 1074.
  11. Excoffier L., Lischer H.E., 2010. Arlequin suite ver. 3.5: a new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows // Molecular Ecology Resources. V. 10. № 3. P. 564–567. https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2010.02847.x
  12. Gromov I.M., Erbajeva M.A., 1995. Mlekopitayushchie fauny Rossii i sopredel’nyh territorii. Zaitseobraznye i gryzuny (Mammals of the Fauna of Russia and Adjacent Territories. Lagomorphs and Rodents) // Opredeliteli po faune Rossii (Identification Guide to the Fauna of Russia). № 167. St. Petersburg: Zoological Institute of Russian Academy of Sciences. 520 p.
  13. Hall T.A., 1999. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT // Nucleic acids symposium series. V. 41. № 41. P. 95–98.
  14. Heptner V.G., 1945. Desert-steppe fauna of Palearctic and centers of its formation // Bulletin of Moscow Society of Naturalists. Biological series. V. 50. P. 17–38.
  15. Heptner V.G., 1968. Some theoretical aspects of conceptions of subspecies, subspecies’ traits and borders of range by the example of geographical variability of two palearctic mammal species // Proceedings of Zoological Museum MSU. V. 10. P. 3–36.
  16. Ho S.Y., Phillips M.J., Cooper A., Drummond A.J., 2005. Time dependency of molecular rate estimates and systematic overestimation of recent divergence times // Molecular Biology and Evolution. V. 22. № 7. P. 1561–1568. https://doi.org/10.1093/molbev/msi145
  17. Hosseinian Yousefkhani S.S., Rastegar-Pouyani E., Aliabadian M., 2016. Ecological niche differentiation and taxonomic distinction between Eremias strauchi strauchi and Eremias strauchi kopetdaghica (Squamata: Lacertidae) on the Iranian Plateau based on ecological niche modeling // Italian Journal of Zoology. V. 83. № 3. P. 408–416. https://doi.org/10.1080/11250003.2016.1209581
  18. Korobitsyna K.V., 1969. Vnutrividovaya izmenchivost’ hromosom nekotoryh peschanok (Meriones, Gerbillinae, Cricetidae, Rodentia), (Intraspecific variability of chromosomes of some species of gerbils (Meriones, Gerbillinae, Cricetidae, Rodentia)) // Mlekopitayushchie: evolutsiya, kariologiya, sistematika, faunistika: materialy ko II-omu Vses. soveshch. po mlekopitayushchim (Mammals: Evolution, Karyology, Taxonomy, Fauna: Materials for the II All-Union Mammology Confer.), Novosibirsk. P. 117– 120.
  19. Kalyaanamoorthy S., Minh B.Q., Wong T.K., Von Haeseler A., Jermiin L.S., 2017. ModelFinder: fast model selection for accurate phylogenetic estimates // Nature Methods. V. 14. № 6. P. 587–589. https://doi.org/10.1038/nmeth.4285
  20. Leigh J.W., Bryant D., 2015. POPART: full-feature software for haplotype network construction // Methods in Ecology and Evolution. V. 6. № 9. P. 1110–1116. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12410
  21. Minh B.Q., Nguyen M.A.T., Von Haeseler A., 2013. Ultrafast approximation for phylogenetic bootstrap // Molecular Biology and Evolution. V. 30. № 5. P. 1188– 1195. https://doi.org/10.1093/molbev/mst024
  22. Nanova O., 2014. Geographical variation in the cranial measurements of the midday jird Meriones meridianus (Rodentia: Muridae) and its taxonomic implications // Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research. V. 52. № 1. P. 75–85. https://doi.org/10.1111/jzs.12032
  23. Nanova O.G., Lebedev V.S., Matrosova V.A., Adiya Y., Undrakhbayar E., Surov A.V., Shenbrot G.I., 2020. Phylogeography, phylogeny, and taxonomical revision of the Midday jird (Meriones meridianus) species complex from Dzhungaria // Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research. V. 58. № 4. P. 1335–1358. https://doi.org/10.1111/jzs.12372
  24. Nguyen L.-T., Schmidt H.A., Von Haeseler A., Minh B.Q., 2015. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies // Molecular Biology and Evolution. V. 32. № 1. P. 268–74. https://doi.org/10.1093/molbev/msu300
  25. Pavlinov I. Ya., 1990. Kladisticheskiy analiz (metodologicheskie problemy) (Cladistic Analysis (Methodological Problems)). Moscow: Moscow Univ. Publ. 160 p.
  26. Sahakyan L.V., Fayvush G.M., Kalashian M.Y., 2009. The current status of Dahl’s jird (Meriones dahli Shidlovski, 1962) // Status and Protection of Globally Threatened Species in the Caucasus. Zazanashvili N. and Mallon D., Eds. Tbilisi: CEPF, WWF. Contour Ltd. P. 111–116.
  27. Shidlovsky M.V., 1962. Opredelitel’ gryzunov Zakavkaz’ya (Key to Rodents of the Transcaucasus), 2nd ed. Tbilisi: Metzniereba. 195 p.
  28. Wilson D.E., Lacher T.E., Mittermeier R.A. (eds), 2017. Handbook of the Mammals of the World. Vl. 7. Rodents II. Barcelona: Lynx Edicions. 1008 p.
  29. Zaitsev M.V., Voita L.L., Sheftel B.I., 1995. Mlekopitayushchie fauny Rossii I sopredel’nyh territorii. Nasekomoyadnye (The Mammals of Russia and Adjacent Territories. Lipotyphlans) // Opredeliteli po faune Rossii (Identification Guide to the Fauna of Russia). № 178. St. Petersburg: Zoological Institute of Russian Academy of Sciences. 390 p.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Карта, показывающая распределение таксонов, относящихся к комплексу видов Meriones meridianus. Зеленый – M. meridianus, оранжевый – M. pennicilliger, синий – M. psammophilus, красный – M. dahli, треугольник – морфологические данные (Nanova, 2014), круг - предыдущие генетические данные, ромб – исходные генетические данные. Заштрихованная область – приблизительный ареал комплекса видов. Красной рамкой показана более подробная карта распространения образцов M. dahli.

Скачать (699KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Дерево максимального правдоподобия, реконструирующее филогенетические связи между гаплотипами cytb в комплексе M. meridianus. Цветовые коды приведены на рис. 1.

Скачать (324KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Реконструкция сети медианных соединений на примере взаимосвязей между аллелями ядерных генов: а – короткий фрагмент гена IRBP из музейных образцов, б – более длинный фрагмент гена IRBP с использованием более длинных последовательностей образцов M. dahli из Турции (Булут, Каракан, 2021), в – короткий фрагмент гена BRCA1. Размер кружка соответствует количеству образцов, цвет обозначает вид (см. Масштаб и цветовую схему в условных обозначениях). Количество полос на ветвях указывает на этапы мутации между узлами.

Скачать (299KB)
Метаданные
5. Дополнительный материал
Скачать (518KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024