


Том 88, № 1 (2023)
Статьи
Новые потенциальные механизмы иммуносупрессии, опосредованной регуляторными Б-клетками
Аннотация
B-Лимфоциты играют важную роль в регуляции иммунного ответа как в норме, так и при патологических состояниях. Традиционно основной функцией В-лимфоцитов считалась продукция антител и презентация антигенов, однако за последние десятилетия было обнаружено несколько субпопуляций регуляторных В-лимфоцитов (Bregs), поддерживающих иммунологическую толерантность и предотвращающих избыточную активацию иммунной системы. В контексте изучения роли таких В-клеток в различных патологиях человека обычно рассматривают субпопуляции регуляторных В-клеток памяти (mBregs, CD19+CD24hiCD27+) и транзиторных Bregs (tBregs, CD19+CD24hiCD38hi), однако механизмы, за счет которых эти субпопуляции Bregs осуществляют иммуносупрессивную активность, остаются недостаточно изученными. В данной работе с помощью биоинформатического анализа открытых данных РНК-секвенирования были предложены потенциальные механизмы реализации иммуносупрессии каждой из субпопуляций регуляторных В-клеток. Анализ дифференциальной экспрессии генов до и после активации данных субпопуляций позволил идентифицировать 6 кандидатных молекул, которые могут определять функциональность mBregs и tBregs. IL4I1-, SIRPA- и SLAMF7-зависимые механизмы иммуносупрессии могут быть свойственны обеим субпопуляциям Bregs, а NID1-, CST7- и ADORA2B-зависимые механизмы могут быть характерны, преимущественно, для tBregs. Глубокое понимание молекулярных механизмов противовоспалительного иммунного ответа В-лимфоцитов является важной задачей как фундаментальной науки, так и прикладной медицины и может способствовать внедрению новых подходов к терапии комплексных заболеваний.
Биохимия. 2023;88(1):3-13



Эпителиально-мезенхимальный переход клеток рака молочной железы при активации транскрипционного фактора SNAIL1
Аннотация
Программа эпителиально-мезенхимального перехода (ЭМП) используется опухолевыми клетками при активации инвазионно-метастатического каскада. С помощью конфокальной и видеомикроскопии нами изучены изменения цитоскелетных структур клеток линии рака молочной железы MCF-7 в ходе ЭМП при активации транскрипционного фактора Snail1. В работе была использована линия клеток MCF-7, стабильно экспрессирующих tetOff-регулируемую конструкцию SNAI1 (MCF-7-SNAI1). При отмывке от тетрациклина и активации Snail1 клетки MCF-7-SNAI1 вступали в ЭМП и приобретали миграционный фенотип, сохраняя при этом экспрессию Е-кадхерина. Мы выделили пять вариантов мезенхимального фенотипа, различающихся по морфологии клеток и скорости миграции. Мигрирующие клетки обладали выраженной пластичностью и были способны быстро изменять как фенотип, так и скорость движения. Как показала иммунофлуоресцентная микроскопия, в основе изменений фенотипа клеток MCF-7-SNAI1 при ЭМП лежат Arp2/3-зависимая полимеризация актиновой сети в ламеллиподиях на ведущем крае, активация контрактильности миозина в зоне за ядром, перераспределение белков межклеточной адгезии из зон межклеточного взаимодействия на ведущий край и реорганизация сети промежуточных кератиновых филаментов.
Биохимия. 2023;88(1):14-28



Инкапсулины: структура, свойства, применение в биотехнологии
Аннотация
В 1994 году был обнаружен новый класс прокариотических компартментов, получивших собирательное название «инкапсулины» или «нанокомпартменты». Белки-протомеры оболочек инкапсулинов самоорганизуются с образованием икосаэдрических структур различных диаметров (24-42 нм). Внутри оболочек нанокомпартментов могут быть инкапсулированы один или несколько грузовых белков, разнообразных по своим функциям. Кроме того, в нанокомпартменты могут быть загружены ненативные грузовые белки, а поверхности оболочек возможно модифицировать при помощи различных соединений, что позволяет создавать системы направленной доставки препаратов, метки для оптической и МРТ-визуализации, а также использовать инкапсулины в качестве биореакторов. В настоящем обзоре описывается ряд подходов к применению инкапсулинов в различных областях науки, включая биомедицину и нанобиотехнологии.
Биохимия. 2023;88(1):29-46



"Старение" клеток при терапии опухолей: механизмы и пути преодоления
Аннотация
Пластичность (многообразие процессов молекулярной регуляции) позволяет опухолевым клеткам «ускользать» от цитоцидного действия химио- и лучевой терапии и выживать. Механизм «ускользания» - адаптация (перепрограммирование) метаболизма. Благодаря сходству с явлениями, протекающими при естественном старении, особые признаки выживших клеток определяются как индуцированное терапией «старение» (therapy induced senescence-like phenotype). Опухоль, приобретающая этот фенотип, отличается от первичной; важную роль играют лекарственная устойчивость и формирование агрессивных клонов. Актуальность проблемы обусловлена общебиологической значимостью регуляции транскрипции генов как приспособительного механизма при стрессе, а также практической необходимостью мишень-направленных воздействий на механизмы транскрипции. В обзоре рассматриваются механизмы становления и исхода, индуцированного терапевтическими воздействиями «старения» опухолевых клеток, а также комбинации противоопухолевых лекарств и модуляторов транскрипции для преодоления этого клинически неблагоприятного феномена.
Биохимия. 2023;88(1):47-67



Влияние структуры N-концевого домена белка оболочки Х-вируса картофеля и вируса мозаики альтернантеры на структуру и физико-химические свойства вирионов
Аннотация
Аминокислотные последовательности белков оболочки (БО) таких потексвирусов, как Х-вирус картофеля (ХВК) и вирус мозаики альтернантеры (ВМАльт), имеют около 40% идентичных аминокислотных остатков. Однако N-концевые домены БО этих вирионов отличаются как по длине, N-концевой домен БО ХВК длиннее на 28 остатков (∆N = 28), так и по аминокислотной последовательности. В настоящей работе определено влияние N-концевого домена БО на структуру и физико-химические свойства вирионов ХВК и ВМАльт. Было показано, что температура плавления препаратов ХВК выше на 10-12 °С, чем у препаратов ВМАльт, спектры кругового дихроизма этих вирусов значительно отличаются. Пространственное выравнивание имеющихся структур БО потексвирусов высокого разрешения показало, что величина RMSD Сα-атомов была максимальна именно для N-концевых доменов двух сравниваемых моделей. Согласно компьютерному моделированию, ∆N-пептид N-домена БО ХВК полностью разупорядочен. По данным синхротронного малоуглового рентгеновского рассеяния (МУРР), структура БО в составе вирионов ХВК и ВМАльт отличается, в частности, БО ХВК имеет больший размер областей кристалличности, а значит и более упорядочен. С помощью МУРР были рассчитаны диаметры вирионов и параметры спирали в растворе. Выявлено влияние конформации и локализации N-концевого домена БО ХВК относительно поверхности вириона на его структуру. Предположительно, повышенная в сравнении с ВМАльт термостабильность вирионов ХВК обеспечивается удлиненными N-концевыми доменами (∆N = 28), которые контактируют между соседними субъединицами БО в вирионе ХВК.
Биохимия. 2023;88(1):68-82



Влияние химических шаперонов на процессы агрегации белков, протекающие в различных кинетических режимах
Аннотация
Формирование и накопление белковых агрегатов отрицательно сказываются на внутриклеточных процессах в живой клетке и являются негативными факторами при производстве и хранении белковых препаратов. Химические шапероны способны предотвращать агрегацию белков, однако это их свойство не является универсальным и зависит от структуры белка-мишени и кинетики его агрегации. В настоящей работе изучено влияние бетаина (Bet) и лизина (Lys) на тест-системы, основанные на тепловой агрегации мышечной гликогенфосфорилазы b (ФБ) при 48 °С, УФ-облученной ФБ (УФ-ФБ) при 37 °С и апо-формы ФБ (апо-ФБ) при 37 °С, характеризующиеся порядком агрегации по белку (n), равным 0,5; 1 или 2 соответственно. Методами динамического светорассеяния, дифференциальной сканирующей калориметрии и аналитического ультрацентрифугирования показано, что Bet защищает ФБ и апо-ФБ от агрегации, однако ускоряет агрегацию УФ-ФБ. В то же время Lys препятствует агрегации УФ-ФБ и апо-ФБ, но увеличивает скорость формирования агрегатов ФБ. Обсуждаются механизмы действия химических шаперонов на третичную и четвертичную структуры и кинетику тепловой агрегации белков-мишеней. Сравнение влияния химических шаперонов на тест-системы с разными кинетическими режимами агрегации позволяет получить более полную информацию о механизме их действия.
Биохимия. 2023;88(1):83-96



Ингибиторы галактонолактоноксидазы из Trypanosoma cruzi на основе аллилполиалкоксибензолов
Аннотация
Ингибирование путей биосинтеза соединений, жизненно необходимых Trypanosoma cruzi, рассматривается исследователями как один из возможных механизмов действия потенциальных лекарств против болезни Шагаса. В качестве одного из таких механизмов нами рассматривается ингибирование галактонолактоноксидазы из T. cruzi (TcGAL), катализирующей финальную стадию синтеза витамина С - антиоксиданта, который T. cruzi не способна усваивать извне и должна синтезировать сама. В данной работе впервые найден класс эффективных ингибиторов TcGAL - растительные аллилбензолы. Обнаружено, что природные аллилполиалкоксибензолы (АПАБ) - апиол, диллапиол и др. являются эффективными ингибиторами TcGAL с IС50 = 20-130 мкМ; установлен неконкурентный механизм действия апиола. Найдено, что конъюгирование АПАБ с трифенилфосфонием, обеспечивающим селективную доставку биологически активных веществ в митохондрии, позволяет повысить эффективность и/или максимальный процент ингибирования по сравнению с немодифицированными АПАБ.
Биохимия. 2023;88(1):97-109



Мелатонин может усиливать действие препаратов, применяемых при лечении лейкемии
Аннотация
Мелатонин (N-ацетил-5-метокситриптамин, МЕЛ), секретируемый шишковидной железой, играет важную роль в регуляции различных функций в организме человека. Существуют доказательства, что МЕЛ оказывает противоопухолевое действие при различных видах рака. Мы изучили комбинированный эффект МЕЛ и препаратов из разных фармакологических групп, таких как цитарабин (ЦИТ) и навитоклакс (ABT-737), на состояние опухолевого пула клеток острого миелоидного лейкоза на клеточной модели MV4-11. Совместное действие МЕЛ с ЦИТ или ABT-737 способствовало снижению пролиферативной активности лейкозных клеток, снижению мембранного потенциала митохондрий, увеличению продукции активных форм кислорода и цитозольного Са2+. Мы показали, что МЕЛ вместе с ЦИТ или ABT-737 увеличивает экспрессию гомологичного белка C/EBP и маркера аутофагии LC3A/B и снижает экспрессию протеин-дисульфидизомеразы и белка, связывающего иммуноглобулины, и, следовательно, может модулировать стресс эндоплазматического ретикулума и инициировать аутофагию. Полученные данные подтверждают ранее высказанное предположение о том, что МЕЛ может иметь преимущества при лечении рака и рассматриваться как добавка к лекарственным средствам, используемым в терапии.
Биохимия. 2023;88(1):110-124



Влияние делеции генов, кодирующих Pho3p и Bgl2p, на уровень полифосфатов, адаптацию к стрессу и закрепление этих белков в клеточной стенке Saccharomyces cerevisiae
Аннотация
Неорганические полифосфаты (полиР), согласно косвенным литературным данным, участвуют в регуляторных процессах в молекулярном комплексе клеточной стенки (КС) дрожжей. Целью работы было выявление взаимосвязи между полиР, кислой фосфатазой Pho3p и мажорным белком КС, глюканозилтрансгликозилазой Bgl2p - основным глюканремоделирующим ферментом с амилоидными свойствами. Установлено, что клетки мутантного штамма с делецией гена PHO3 содержат больше высокополимерных щёлочерастворимых полиР, а также более устойчивы к щёлочи и ионам марганца по сравнению со штаммом дикого типа. Эти данные свидетельствуют в пользу того, что Pho3p ответственна за гидролиз высокополимерных полиP на поверхности клеток дрожжей, а эти полиР являются одним из факторов устойчивости к стрессам. Штамм с делецией гена BGL2 cхож со штаммом ∆pho3 по содержанию высокомолекулярных щёлочерастворимых полиР и устойчивости к щёлочи и марганцу. Сравнительный анализ белков КС демонстрировал корреляцию между экстрагируемостью кислой фосфатазы и Bgl2р, а также выявил изменение способа закрепления Bgl2р в КС штамма, лишённого Pho3p. Предположено, что Bgl2p и Pho3p способны образовывать метаболон или его части, который объединяет биогенез основного структурного полимера КС - глюкана и катаболизм важнейшего регуляторного полимера - полифосфатов.
Биохимия. 2023;88(1):125-135



Влияние неспецифических поринов наружной мембраны Yersinia pseudotuberculosis на ткани коры головного мозга мышей
Аннотация
Обнаружено, что при однократной иммунизации мышей OmpF и OmpC поринами Yersinia pseudotuberculosis на фоне нарастающего титра специфических антител в глубоких слоях коры головного мозга развиваются патологические изменения, характеризующиеся дистрофическими изменениями клеток. В нейронах при этом наблюдается повышенный уровень экспрессии каспазы 3, что свидетельствует об индукции проапоптотических сигнальных путей. Полученные результаты указывают на потенциальную способность неспецифических порообразующих белков наружной мембраны грамотрицательных бактерий инициировать развитие дегенеративных изменений клеток головного мозга.
Биохимия. 2023;88(1):136-146



Ацилирование белков мозга крысы изменяется при специфическом ингибировании пируватдегидрогеназы in vivo
Аннотация
Адаптация организма к нарушениям обмена веществ требует существования механизмов, связывающих метаболизм с экспрессией генов. В числе таких механизмов в последнее время все чаще рассматривают ацилирование метаболических и гистоновых белков. Мы предположили, что изменение уровня ацилирования белков опосредует адаптационный ответ на ингибирование ключевого метаболического процесса, катализируемого продуцирующим ацетил-КоА комплексом пируватдегидрогеназы (ПДГ). Для проверки этой гипотезы животным интраназально вводили специфические ингибиторы ПДГ: ацетил(метил)фосфинат (АцМеФ) или метиловый эфир ацетилфосфоната (АцФМе) - с последующей оценкой физиологических параметров, ацилирования белков мозга, а также экспрессии и фосфорилирования кодируемой PDHA альфа-субъединицы ПДГ (α-ПДГ). При одинаковой дозе сильный ингибитор АцМеФ, в отличие от менее эффективного АцФМе, уменьшает уровень ацетилирования и увеличивает уровень сукцинилирования белков головного мозга с кажущейся молекулярной массой 15-20 кДа. Белки 30-50 кДа демонстрируют изменения ацетилирования лишь под влиянием сильного ингибитора АцМеФ, в то время как менее эффективный АцФМе в основном увеличивает уровень их сукцинилирования. Отсутствие изменений в сукцинилировании белков массой 30-50 кДа после введения АцМеФ совпадает с индукцией этим ингибитором десукцинилазы SIRT5, которая не наблюдается у животных, получавших АцФМе. Экспрессия и фосфорилирование α-ПДГ в мозге, а также поведение животных и ЭКГ существенно не различаются между исследуемыми группами животных. Полученные результаты указывают на то, что кратковременное ингибирование ПДГ головного мозга влияет на уровень ацетилирования и/или сукцинилирования белков головного мозга в зависимости от силы ингибитора, молекулярной массы белка и типа ацилирования. Стабильность физиологических параметров после ингибирования ПДГ свидетельствует в пользу гомеостатического характера этих изменений.
Биохимия. 2023;88(1):147-163



Комментарий
О статье Л.А. Гаврилова и Н.С. Гавриловой "Исторические тренды видовой продолжительности жизни человека и актуарной скорости старения", опубликованной в т. 87, вып. 12, с. 1998-2011
Аннотация
В статье «Исторические тренды видовой продолжительности жизни человека и актуарной скорости старения» Л.А. Гаврилова и Н.С. Гавриловой проверяется выполнение компенсаторного эффекта смертности (CEM), заключающегося в увеличении скорости старения с уменьшением начальной смертности, в современной популяции людей. При исследовании использовались поперечные данные из базы данных HMDB, а в качестве инструментария количественной оценки CEM - математические модели Гомпертца, Гомпертца-Мэйкхема, проводилось сравнение с зависимостью, называемой «корреляция Стрелера-Милдвана». Корреляция Стрелера-Милдвана вытекает из общей теории «General theory of mortality and aging», опирающейся на понятия жизненной силы организма (vitality) и устойчивости организма к внешнему негативному воздействию. Её развитие содержится в работе Yashin et al. Важно отметить, что теоретически все три подхода описывают старение одного организма, а не группы или популяции. В статье Гавриловых это обстоятельство игнорируется и обсуждается в настоящем комментарии.
Биохимия. 2023;88(1):164-165


